相手のモンスターゾーンに捕食カウンターが置かれた「キラー・トマト」が表側表示で存在しています。

この状況で、その相手の「キラー・トマト」が戦闘で破壊され墓地へ送られた際に、『このカードが戦闘によって破壊され墓地へ送られた時、自分のデッキから攻撃力１５００以下の闇属性モンスター１体を自分フィールド上に表側攻撃表示で特殊召喚する事ができる』モンスター効果を発動しました。

この場合、自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は適用されますか？

質問の状況のように、戦闘で破壊され墓地へ送られる「キラー・トマト」はフィールドを離れる際には、捕食カウンターが全て取り除かれます。

墓地で「キラー・トマト」のモンスター効果が発動する際には、捕食カウンターが置かれていない状態となりますので、「捕食植物ドラゴスタペリア」のモンスター効果によって無効化される事はありません。