相手のモンスターゾーンに捕食カウンターが置かれた「HSR魔剣ダーマ」が表側表示で存在しています。

この状況で、その相手の「HSR魔剣ダーマ」が『②：自分の墓地の機械族モンスター１体を除外して発動できる。相手に５００ダメージを与える』モンスター効果を発動し、さらにその発動にチェーンして「エネミーコントローラー」の『●自分フィールドのモンスター１体をリリースし、相手フィールドの表側表示モンスター１体を対象として発動できる。その表側表示モンスターのコントロールをエンドフェイズまで得る』効果を発動して、「捕食植物ドラゴスタペリア」のコントロールが相手に移りました。

この場合、自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は適用されますか？

質問の状況のように、「捕食植物ドラゴスタペリア」自身のコントロールが相手に移った場合、「捕食植物ドラゴスタペリア」も、モンスターを発動した捕食カウンターの置かれているモンスターも、どちらも相手プレイヤーがコントロールしている状態になります。

この場合、相手のモンスター（＝質問の状況の場合、「HSR魔剣ダーマ」）のモンスター効果は、『相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果』にあたりませんので、「捕食植物ドラゴスタペリア」のモンスター効果によって無効化される事はありません。