相手の魔法＆罠ゾーンに「虚無空間」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、お互いにモンスターを特殊召喚できない』効果が適用されています。

この状況で、自分は「超量必殺アルファンボール」の『①：自分フィールドに「超量士」モンスターが３種類以上存在する場合に発動できる。相手フィールドのカードを全て持ち主のデッキに戻す。その後、相手はエクストラデッキからモンスター１体を召喚条件を無視して特殊召喚する』効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、「虚無空間」が相手の魔法＆罠ゾーンに表側表示で存在している場合には、モンスターの特殊召喚が行えない状態となりますので、自分は「超量必殺アルファンボール」の発動を行う事自体ができません。

なお、自分の「超量必殺アルファンボール」の発動にチェーンして相手が「虚無空間」を発動した場合には、その発動された「虚無空間」も含めて、『相手フィールドのカードを全て持ち主のデッキに戻す』処理が行われますので、結果的に『その後、相手はエクストラデッキからモンスター１体を召喚条件を無視して特殊召喚する』処理も通常通り適用される事になります。