「水晶機巧－リオン」の『①：相手のメインフェイズ及びバトルフェイズに、チューナー以外の除外されている自分のモンスター１体を対象として発動できる。そのモンスターを効果を無効にして特殊召喚し、そのモンスターとこのカードのみを素材として機械族Sモンスター１体をS召喚する。その時のS素材モンスターは墓地へは行かず持ち主のデッキに戻る』モンスター効果を発動し、除外されている「ブンボーグ００２」を対象とし、『そのモンスターとこのカードのみを素材として機械族Sモンスター１体をS召喚する』処理によって、「水晶機巧－アメトリクス」をシンクロ召喚しました。

この場合、「ブンボーグ００２」の『①：このカードが特殊召喚に成功した場合に発動できる。デッキから「ブンボーグ」カード１枚を手札に加える』モンスター効果を発動する事はできますか？

「水晶機巧－リオン」のモンスター効果によって、シンクロ召喚を行う場合、その時のシンクロ素材モンスター（＝質問の状況の場合、「水晶機巧－リオン」と「ブンボーグ００２」）は全て墓地へは行かず持ち主のデッキに戻ります。

したがって、質問の状況の場合、「ブンボーグ００２」の特殊召喚に成功した場合に発動するモンスター効果の発動を行う事自体ができません。