相手のモンスターゾーンに表側表示で存在する「サイレント・マジシャン LV８」を対象として、自分が「「A」細胞組み換え装置」の『①：フィールドの表側表示モンスター１体を対象として発動できる。デッキから「エーリアン」モンスター１体を墓地へ送り、墓地へ送ったモンスターのレベルの数だけ、対象のモンスターにAカウンターを置く』を発動しました。

その場合、効果処理はどうなりますか？

質問の状況の場合でも、「「A」細胞組み換え装置」の『デッキから「エーリアン」モンスター１体を墓地へ送り』の処理は適用され、デッキから選んだ「エーリアン」と名のついたモンスター1体を墓地へ送ります。

しかしながら、相手の「サイレント・マジシャン LV８」は自身の『①：このカードは相手の魔法カードの効果を受けない』モンスター効果によって、「「A」細胞組み換え装置」のモンスター効果も受けませんので、『墓地へ送ったモンスターのレベルの数だけ、対象のモンスターにAカウンターを置く』処理によってAカウンターを置く事はできません。