「EMコン」の『①：このカードが召喚・特殊召喚に成功したターンの自分メインフェイズに１度だけ、このカード以外の自分フィールドの攻撃力１０００以下の「EM」モンスター１体を対象として発動できる。自分フィールドの表側攻撃表示の、そのモンスターとこのカードを守備表示にし、デッキから「オッドアイズ」モンスター１体を手札に加える』モンスター効果を発動し、対象として「EMユニ」を選択しました。

そのモンスター効果の発動にチェーンして「エネミーコントローラー」が発動し、効果を発動した「EMコン」自身、または、対象となった「EMユニ」のコントロールが相手に移った場合、処理はどうなりますか？

質問の状況のように、「EMコン」のモンスター効果の処理時、効果を発動した「EMコン」自身、または、そのモンスター効果の対象とした「EMユニ」のどちらかが「エネミーコントローラー」の効果によって、コントロールが相手に移っている場合には、効果処理は適用されません。
（どちらのモンスターも守備表示にはならず、『デッキから「オッドアイズ」モンスター１体を手札に加える』処理も適用されません。）