「虚空の黒魔導師」の『①：X素材を持ったこのカードがモンスターゾーンに存在する限り、自分は相手ターンに速攻魔法カード及び罠カードを手札から発動できる。その発動の際にこのカードのX素材を１つ取り除く』モンスター効果によって相手ターンに手札の「神の警告」を発動する場合、どのような手順で発動しますか？

「虚空の黒魔導師」のモンスター効果を適用して、相手ターンに手札からカウンター罠カードを発動する事はできます。

質問の状況の場合、「神の警告」は『２０００LPを払って以下の効果を発動できる』カウンター罠カードですので、通常通りそのカードの発動の際に、コストとなる、2000ライフポイントを払って発動します。
（通常通り発動した場合と同じく、『モンスターを特殊召喚する効果を含む、モンスターの効果・魔法・罠カードが発動した時』または、『自分または相手がモンスターを召喚・反転召喚・特殊召喚する際』に発動する事になります。）