自分の魔法＆罠ゾーンに「虚無空間」が表側表示で存在し、『①：このカードが魔法＆罠ゾーンに存在する限り、お互いにモンスターを特殊召喚できない』効果が適用されています。

この状況で、自分のモンスターゾーンに表側表示で存在する「黒竜の忍者」が戦闘やカードの効果によって破壊され墓地へ送られた場合、『②：表側表示のこのカードがフィールドから離れた場合に発動する。このカードの効果で除外されているモンスターを可能な限り元々の持ち主のフィールドに特殊召喚する』モンスター効果は発動しますか？

質問の状況の場合でも、表側表示の「黒竜の忍者」がフィールドから離れていますので、その「黒竜の忍者」のモンスター効果は発動します。

また、自分フィールドから「黒竜の忍者」が墓地へ送られた事で、「虚無空間」の『②：デッキまたはフィールドから自分の墓地へカードが送られた場合に発動する。このカードを破壊する』効果も同時に発動する事になります。

この場合、「黒竜の忍者」のモンスター効果と、「虚無空間」の効果は任意の順番でチェーンを組み、効果の発動と処理を行う事になります。

「虚無空間」の効果をチェーン1、「黒竜の忍者」のモンスター効果をチェーン2として発動し、処理を行う場合には、「黒竜の忍者」のモンスター効果によって特殊召喚の処理は行われません。（除外されたモンスターは除外されたままとなります。）
逆に、「黒竜の忍者」のモンスター効果をチェーン1、「虚無空間」の効果をチェーン2として発動し、処理を行う場合には、「黒竜の忍者」のモンスター効果の処理の際には、「虚無空間」が破壊されていますので、特殊召喚の処理は通常通り行われる事になります。