エクストラデッキの「ルーンアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」を見せて、「E・HERO プリズマー」の『①：１ターンに１度、エクストラデッキの融合モンスター１体を相手に見せ、そのモンスターにカード名が記されている融合素材モンスター１体をデッキから墓地へ送って発動できる。エンドフェイズまで、このカードはこの効果を発動するために墓地へ送ったモンスターと同名カードとして扱う』効果が発動し、カード名が「オッドアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」として扱われています。

その「E・HERO プリズマー」と「貴竜の魔術師」をシンクロ素材として、「オッドアイズ・メテオバースト・ドラゴン」をシンクロ召喚する場合、「貴竜の魔術師」はデッキの一番下へ戻りますか？

質問の状況の場合、「E・HERO プリズマー」のカード名は「オッドアイズ・ペンデュラム・ドラゴン」として扱われていますので、「貴竜の魔術師」を使用したシンクロ召喚の際に、他のシンクロ素材に「オッドアイズ」と名のついたモンスターのみを使用した事になります。

したがって、「貴竜の魔術師」は持ち主のデッキの一番下には戻らず、エクストラデッキに表側表示で加わる事になります。