自分のペンデュラムゾーンの「クリフォート・ツール」と「クリフォート・アセンブラ」を対象に、「ペンデュラム・エクシーズ」を発動できますか？

発動できません。

「ペンデュラム・エクシーズ」の発動に際しては、エクシーズ召喚まで処理を行える状況である必要があります。なお、この状況とは、エクシーズ召喚する直前の状況ではなく、「ペンデュラム・エクシーズ」の発動時の状況を指します。

ペンデュラムゾーンに「クリフォート」モンスターが存在し、その『①：自分は「クリフォート」モンスターしか特殊召喚できない。この効果は無効化されない』効果が適用されているのであれば、対象のペンデュラムゾーンの「クリフォート」モンスターを特殊召喚し、エクストラデッキから「クリフォート」エクシーズモンスターをエクシーズ召喚できる状況でのみ、「ペンデュラム・エクシーズ」を発動できることになります。

「クリフォート」モンスターにエクシーズモンスターは存在しませんので、その状況で「ペンデュラム・エクシーズ」を発動することはできません。