相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、自分が「エンド・オブ・アヌビス」をアドバンス召喚した場合、その『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、墓地のカードを対象にする、または墓地で効果が発動する魔法・罠・モンスターの効果は全て無効になる』モンスター効果は無効化されますか？

「エンド・オブ・アヌビス」のモンスター効果は、『墓地のカードへ及ぶ効果』として扱われませんので、「王家の眠る谷－ネクロバレー」の適用中でもその効果処理は通常通り適用されます。
（「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果によって無効化される事はありません。）