自分フィールドの「E・HERO ザ・ヒート」が相手の「聖獣セルケト」と戦闘を行い、『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、このカードが戦闘で破壊したモンスターは除外される』効果によって除外されました。

その後に、「異次元からの埋葬」を発動し、除外されたその「E・HERO ザ・ヒート」が自分の墓地に戻った場合、「摩天楼２－ヒーローシティ」の『１ターンに１度、自分のメインフェイズ時に、戦闘によって破壊され自分の墓地へ送られた「E・HERO」と名のついたモンスター１体を選択して発動できる。選択したモンスターを墓地から特殊召喚する』効果によって特殊召喚する事はできますか？

質問の状況の場合、「E・HERO ザ・ヒート」は戦闘によって破壊され除外されており、戦闘によって破壊され自分の墓地へ送られていません。

したがって、「摩天楼２－ヒーローシティ」の効果によって特殊召喚する事はできません。