相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、「The supremacy SUN」の『フィールド上に表側表示で存在するこのカードが破壊され墓地へ送られた場合、次のターンのスタンバイフェイズ時に手札を１枚捨てる事で、このカードを墓地から特殊召喚する』モンスター効果を発動した場合、その効果は無効化されますか？

「The supremacy SUN」自身を墓地から特殊召喚するモンスター効果は、『墓地のカードへ及ぶ効果』として扱われます。

したがって、「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果が適用されている場合には、その効果は無効化され、特殊召喚されません。
（「The supremacy SUN」は墓地に残ります。）