相手のモンスターゾーンにモンスターが1体も存在せず、自分のモンスターゾーンに存在するモンスターが表側表示の「真竜皇V.F.D.」1体のみという状況です。

この状況で、「真竜皇V.F.D.」の『①：１ターンに１度、このカードのX素材を１つ取り除き、属性を１つ宣言して発動できる。ターン終了時まで、フィールドの表側表示モンスターは宣言した属性になり、宣言した属性の相手モンスターは効果を発動できず、攻撃もできない。この効果は相手ターンでも発動できる』モンスター効果を発動する際に、闇属性を宣言する事はできますか？

質問の状況の場合でも、闇属性を宣言して「真竜皇V.F.D.」の『宣言した属性の相手モンスターは効果を発動できず、攻撃もできない』モンスター効果を発動する事ができます。