自分が「おジャマトリオ」を発動し、相手のモンスターゾーンに「おジャマトークン」を3体特殊召喚しました。

その後、「所有者の刻印」が発動された場合、「おジャマトークン」のコントロールはどうなりますか？

「おジャマトークン」の元々の持ち主は、その「おジャマトリオ」を発動したプレイヤー（＝質問の状況の場合は自分）となりますので、「所有者の刻印」の効果処理が適用された場合には、その「おジャマトークン」のコントロールは全て自分に移ります。

その際に、自分のモンスターゾーンの空きが少なくコントロールを戻せなかった「おジャマトークン」は破壊される事になります。
（なお、『「おジャマトークン」が破壊された時、このトークンのコントローラーは１体につき３００ポイントダメージを受ける』処理も通常通り適用されます。この場合、コントロールを自分に戻す事ができずに破壊されていますので、ダメージを受けるのは相手プレイヤーとなります。）