「忍法 影縫いの術」の『自分フィールド上の「忍者」と名のついたモンスター１体をリリースして発動できる。相手フィールド上のモンスター１体を選択してゲームから除外する。そのモンスターがゲームから除外されている限り、そのモンスターカードゾーンは使用できない』効果の対象として、エクストラモンスターゾーンの相手モンスターを対象に選択する事はできますか？

エクストラモンスターゾーンに存在するモンスターを対象として「忍法 影縫いの術」を発動する事はできます。

その場合、対象となったエクストラモンスターゾーンのモンスターは除外され、除外されている間は、そのエクストラモンスターゾーンは使用できない状態となります。
（その使用できなくなったエクストラモンスターゾーンは自分フィールドとも相手フィールドとも扱われない状態に戻りますので、もう片方のエクストラモンスターゾーンが空いていれば、どちらのプレイヤーも使用できる状態になっています。）

その後、「忍法 影縫いの術」がフィールドを離れた際には、使用できない状態となっていたエクストラモンスターゾーンは使用できる状態に戻り、『このカードがフィールド上から離れた時、この効果で除外したモンスターを同じ表示形式で元のモンスターカードゾーンに戻す』効果が発動します。

その際には、その「忍法 影縫いの術」の効果で使用できなくなっていたゾーンに除外していたモンスターを戻す処理を行いますが、除外されたモンスターをエクストラモンスターゾーンに戻す事はできませんので、その除外したモンスターは墓地へ置かれる事になります。