相手のモンスターゾーンに捕食カウンターが置かれた「堕天使ゼラート」が表側表示で存在しています。

この状況で、その相手の「堕天使ゼラート」が『①：手札から闇属性モンスター１体を墓地へ送って発動できる。相手フィールドのモンスターを全て破壊する』モンスター効果を発動し、さらにその発動にチェーンして「月の書」を発動して、「堕天使ゼラート」を裏側守備表示にしました。

この場合、自分の「捕食植物ドラゴスタペリア」の『②：このカードがモンスターゾーンに存在する限り、相手が発動した捕食カウンターが置かれているモンスターの効果は無効化される』モンスター効果は適用されますか？

質問の状況のように、捕食カウンターが置かれている「堕天使ゼラート」が、「月の書」の効果によって裏側守備表示になる際には、捕食カウンターが全て取り除かれます。

モンスター効果を発動した「堕天使ゼラート」自身が、裏側守備表示になった事で捕食カウンターが置かれていない状態となりますので、「捕食植物ドラゴスタペリア」のモンスター効果によって無効化される事はありません。