「No.66 覇鍵甲虫マスター・キー・ビートル」の『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、選択したカードはカードの効果では破壊されない』効果を適用した後に、「禁じられた聖杯」の効果によって「No.66 覇鍵甲虫マスター・キー・ビートル」の効果が無効になった場合は選択したカードはどうなりますか？

質問の状況の場合、「No.66 覇鍵甲虫マスター・キー・ビートル」の効果が無効になっていますので、『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、選択したカードはカードの効果では破壊されない』効果で選択したカードをカードの効果で破壊する事ができる状態となります。
また、「No.66 覇鍵甲虫マスター・キー・ビートル」の『フィールド上のこのカードが破壊される場合、代わりに選択した自分のカード1枚を墓地へ送る事ができる』効果も「禁じられた聖杯」によって無効になっていますので、選択したカードを代わりに墓地へ送る処理を適用する事はできません。

しかし、その後に「禁じられた聖杯」の効果の適用がなくなった場合、『このカードがフィールド上に表側表示で存在する限り、選択したカードはカードの効果では破壊されない』効果は適用された状態に戻り、『フィールド上のこのカードが破壊される場合、代わりに選択した自分のカード１枚を墓地へ送る事ができる』効果も適用する事ができるようになります。