相手のフィールドゾーンに「王家の眠る谷－ネクロバレー」が表側表示で存在し、『②：このカードがフィールドゾーンに存在する限り、お互いに墓地のカードを除外できず、墓地のカードへ及ぶ効果は無効化され、適用されない』効果が適用されています。

この状況で、自分のモンスターの攻撃によって、相手の「墓守の使徒」が破壊され、『このカードが相手モンスターの攻撃によって破壊され墓地へ送られた時、デッキから「墓守の使徒」以外の「墓守」と名のついたモンスター１体を裏側守備表示で特殊召喚できる』モンスター効果が発動した場合、自分は「透破抜き」を発動する事はできますか？

質問の状況の場合、墓地の「墓守の使徒」の効果にチェーンして発動する「透破抜き」は墓地のカードを除外する効果となります。

「王家の眠る谷－ネクロバレー」の効果によって、相手の墓地のカードを除外する事はできませんので、この場合、自分は「透破抜き」の発動を行う事自体ができません。