自分の魔法＆罠ゾーンに「マクロコスモス」が表側表示で存在し、『このカードがフィールド上に存在する限り、墓地へ送られるカードは墓地へは行かずゲームから除外される』効果が適用されています。

この状況で、自分はエクシーズ素材を12以上持っている「十二獣ワイルドボウ」で攻撃し、相手に戦闘ダメージを与えました。

この時、「十二獣ワイルドボウ」の『③：持っているX素材の数が１２以上のこのカードが相手に戦闘ダメージを与えた時に発動できる。相手の手札・フィールドのカードを全て墓地へ送り、その後、このカードは守備表示になる』モンスター効果を発動する事はできますか？

質問の状況のように、自分の「マクロコスモス」の適用中に、エクシーズ素材を12以上持っている「十二獣ワイルドボウ」が攻撃し、相手に戦闘ダメージを与えた際にも、そのモンスター効果を発動する事ができます。

その場合、『相手の手札・フィールドのカードを全て墓地へ送り』の処理によって墓地へ送られるカードは、「マクロコスモス」の効果によって墓地へは送られず、除外される事になりますので、『その後、このカードは守備表示になる』処理は適用されません。
（カードが除外される処理にて完了した扱いとなり、「十二獣ワイルドボウ」は表側攻撃表示のままとなります。）